常州市武进中医医院骨伤科为国家中医药管理局“十二五”中医重点专科培育单位、常州市中医重点临床专科。现设3个专科门诊、3个专病门诊、1个针刀特色门诊及3个住院病区(手足踝骨病专科、脊柱专科、关节及运动医学专科)，开放床位135张。
常州市武进中医医院儿科自建院初期起，便以扎实的中医底蕴和卓越的临床疗效，在武进及周边地区享有盛誉。学科奠基人、名老中医林德民先生精研幼科，医术精深，其弟子王耀峰、林植华医师继承并发展其学术思想，为科室构建具有鲜明中医特色的诊疗体系奠定了坚实基础。在此基础上，儿科不断精进，逐步发展为中医特色突出、综合实力强劲的优势学科。
常州市武进中医医院肾病科创建于1997年，为常州市中医重点临床专科。科室现有医师11名，其中高级职称6名、硕士及以上学历6人、孟河医派传承人3名。学科带头人薛红良主任中医师为南京中医药大学兼职教授、“常州市名中医”、常州孟河医派传承人指导老师。
常州市武进中医医院妇科为常州市中医重点临床专科，科室坚持中医特色与西医技术并重的发展方向，人才梯队合理，技术力量雄厚。现有医师14名，其中主任医师6名、副主任医师2名、硕士研究生7名，开放床位40张，病房环境舒适、设施完善。
常州市武进中医医院肛肠科创建于1988年，2013年与南京市中医医院合作成立“全国肛肠诊疗中心常州技术分中心”，2020年成为国家区域中医肛肠诊疗中心专科联盟单位，2022年被评为常州市中医重点临床专科，2025年成为全国便秘专科联盟副理事长单位。
常州市武进中医医院急诊科为常州市中医重点临床专科，科室配置齐全，下设内、外、妇、儿等临床科室及急诊检验、放射、CT、B超、心电图等医技科室，设有急诊抢救大厅、复苏室、清创室、洗胃室、隔离抢救室、醒酒室等功能区域。
常州市武进中医医院泌尿外科(外三科)为常州市中医重点专科，“中华医学会泌尿外科分会华东地区泌尿系结石病防治基地(江苏省中医院)合作单位”、江苏省中医院男科联盟骨干单位。现已发展成为以中西医结合和微创泌尿外科手术为特色的优势学科。
常州市武进中医医院脑病科成立于1996年，为常州市中医重点临床专科。科室现为中国卒中中心联盟首批挂牌单位(2014年)、国家神经系统疾病临床医学研究中心网络成员单位，2024年作为神经介入建设中心接受国家卫健委能力建设和继续教育中心专家组中期督导。科室人才梯队合理，现有正高级职称医师6名，副高级职称医师2名，其中博士研究生2名，硕士研究生5名。
常州市武进中医医院普外科为常州市中医重点临床专科，现有主任医师2名、副主任医师4名、主治医师2名、住院医师2名，其中硕士研究生3人。开放床位45张，每年施行各类手术1000余台。
常州市武进中医医院乳腺病科现为常州市中医重点临床专科，同时也是江苏省肿瘤医院乳腺疾病中心联盟单位。科室现有专科医师8名，其中硕士研究生4名，本科生4名，主任医师1名，副主任医师2名，主治医师4名，住院医师1名。护理人员共有11人，含市级静疗专科护士1名，多人持有PICC置管操作证书，具备扎实的专科护理能力。
常州市武进中医医院心血管病科创建于1995年，2007年被确认为常州市中医重点临床专科，是以中西医结合为特色的优势学科。2023年创立胸痛中心，并通过国家胸痛中心认证，建立了高效、规范的急性胸痛救治体系，显著提升了急性心肌梗死等危重症的救治能力。
常州市武进中医医院肺病科(呼吸与危重症医学科)始建于1999年，现为常州市中医重点临床专科、江苏省间质性肺病专科联盟成员单位。科室设立申春悌全国名老中医药专家传承工作室武进中医医院基层工作站，充分发挥名老中医药专家的学术引领作用，推动中医药在呼吸系统疾病领域的传承与创新。
