肛肠科创建于1988年，2013年与南京市中医医院合作成立全国肛肠诊疗中心常州技术分中心，2017年成功创建成常州市中医特色专科，成为国家区域中医肛肠诊疗中心联盟分中心；现为常州市中医重点临床专科。

科室以传统的中医基础理论和先进的西医诊疗技术为基础，熟练开展内痔、外痔、混合痔、肛裂、肛周脓肿、低位肛瘘、高位肛瘘、肛门失禁、肛门湿疹、肛窦炎等肛周良性疾病的诊治，还开展了结直肠息肉、炎症性肠病、肠功能紊乱等肠道疾病及出口梗阻性便秘、肛门直肠痛等盆底疾病的诊治。

尤其对术后病人使用中药坐浴、熏洗、涂搽、耳穴埋籽及中药辨证内服等治疗方法，能明显地减轻患者术后疼痛，出血，尿储留等并发症，缩短了病程，加快患者术后恢复。该科还对环状混合痔采用微创多点小切口加皮瓣整复术和内痔注射术及内痔套扎术等微创手术；对习惯性便秘和肛门直肠痛等盆底疾病运用中医的辩证论治和辩证施护进行盆底生物反馈治疗；并率先在常州开展便秘的“结肠传输试验”检查，对溃疡性结肠炎运用中药的保留灌肠治疗等均取得了良好的效果。